home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00368 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.3 KB  |  30 lines
  1. ***************************
  2. * Synaptobrevin signature *
  3. ***************************
  4.  
  5. Synaptobrevin [1] is an intrinsic membrane  protein of small synaptic vesicles
  6. whose function is  not  yet known, but  which is highly  conserved in mammals,
  7. electric ray  (where  its  is  known as VAMP-1),  Drosophila and yeast [2]. In
  8. mammals and yeast (genes SNC1 and SNC2) there are two closely related forms of
  9. synaptobrevin [3].
  10.  
  11. Structurally synaptobrevin  consist of a N-terminal cytoplasmic domain of from
  12. 90 to 110 residues,  followed  by  a transmembrane region, and then by a short
  13. (from 2 to 22 residues) C-terminal intravesicular domain.
  14.  
  15. As a  signature  pattern  for  synaptobrevin  we  selected  a highly conserved
  16. stretch of residues located in the central part of the sequence.
  17.  
  18. -Consensus pattern: R-x-N-[LIVM]-[DEN]-K-V-x-[DE]-R-x-[EQ]-[KR]-[LIVM]-[ST]-x-
  19.                     [LIVM]-x-[DE]-[KR]-A-[DE]
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  23.  
  24. [ 1] Suedhof T.C., Baumert M., Perin M.S., Jahn R.
  25.      Neuron 2:1475-1481(1989).
  26. [ 2] Gerst J.E., Rodgers L., Riggs M., Wigler M.
  27.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:4338-4342(1992).
  28. [ 3] Archer B.T. III, Oezcelik T., Jahn R., Francke U., Suedhof T.C.
  29.      J. Biol. Chem. 265:17267-17273(1990).
  30.